- 001: Un piccolo grande detective
Al parco divertimenti con l'amica d'infanzia Ran Mouri, il detective liceale Shinichi Kudo si imbatte in due loschi tizi che lo stordiscono e gli somministrano una sostanza che dovrebbe ucciderlo, ma in realtà fa tornare il suo corpo allo stadio di un bambino
- 002: Una nuova vita
Il piccolo Shinichi si confida con il dottor Agasa, che gli consiglia di indagare sugli strani uomini in nero grazie all'aiuto del padre di Ran, che è un detective privato. Il piccolo Conan Edogawa comincia così la sua nuova vita
- 005: L'esplosione del treno super rapido
Da leggere sul manga e non in versione anime: Conan scopre che i nomi in codice dei due tizi che lo hanno rimpicciolito sono Gin e Vodka
- 007: Un regalo al mese
Ran ha dei dubbi sull'identità di Conan; riuscirà a cavarsela grazie all'aiuto del professor Agasa che chiama Ran con la voce di Shinichi mentre lei aveva Conan davanti
- 013: Dov'è papà?
Da leggere sul manga e non in versione anime: Conan indaga su una rapina che coinvolge un membro dell'organizzazione, Akemi Miyano (nome in codice: Masami Hirota) che si offre di collaborare con la promessa che lei e sua sorella sarebbero state liberate. Verrà uccisa da Gin
- 032: L'appuntamento di Ran
E' il primo episodio nel quale compare Eri Kisaki, madre di Ran e moglie (separata) di Kogoro
- 043: Il rapimento di Conan
E' il primo episodio nel quale compaiono i genitori di Shinichi andati a vivere all'estero: Yukiko e Yusaku Kudo
- 048/049: Il diplomatico
Prima apparizione di Heiji Hattori, detective liceale di Osaka rivale - ma poi amico - di Shinichi
- 054: Chi è il colpevole?
Appare Tequila, un altro membro dell'organizzazione degli uomini in nero, che verrà però accidentalmente ucciso molto presto
- 057/058: Il club di Sherlock Holmes
Seconda apparizione di Heiji, che a fine episodio scoprirà la vera identità di Conan. Da buon amico, manterrà il segreto
- 076: Il ladro della perla nera
Prima apparizione del misterioso ladro Kaito Kid
- 096: Una vita di avventure
Ran sospetta nuovamente di Conan, stavolta a salvarlo dai guai interverrà nientemeno che Yukiko. Porterà poi il figlio sul luogo di un delitto, dove incontrerà per la prima volta il detective Yamamura
- 128: Rapina in banca
Nell'anime è stato riportato quello che è stato omesso nell'episodio 007
- 129: La nuova studentessa
Prima apparizione di Shiho Miyano, sorella di Akemi. Ricercatrice che faceva parte dell'organizzazione, si è rifiutata di collaborare alla morte della sorella. Vicina alla morte, ha preso di nascosto l'APTX 4869, sostanza che aveva assunto anche Shinichi, che anziché ucciderla come si aspettava l'ha riportata allo stato di bambina. Conosciuta a tutti ora come Ai Haibara, Vive con il proessor Agasa cercando un antidoto
- 130/131: Minaccia allo stadio
Veniamo a conoscenza di ulteriori informazioni su Ai, come la sua vera età (18 anni)
- 162: Il primo caso di Shinichi
Ran, in viaggio su un aereo, sogna un episodio realmente accaduto pochi anni prima, nel quale a bordo di un aereo diretto a Los Angeles lei e Shinichi si imbattono in un omicidio
- 170/171: Un assassinio al buio
Primo episodio nel quale compare il dottor Araide. Il caso di omicidio verrà ufficialmente dichiarato diversamente da come sono andate realmente le cose, ma Araide origlia e sente la verità
- 176/177/178: Incontro indesiderato
Ai e Conan si imbattono nuovamente in Gin e Vodka, che stanno pianificando un omicidio. Nel tentativo di sventarlo, Ai verrà rapita da Pisco, un altro membro dell'organizzazione. Per riuscire a fuggire, Ai riesce a tornare grande per pochi minuti, ma viene scoperta da Gin che per poco non la ammazza. Riuscirà poi a scappare con l'aiuto di Conan, mentre Gin ucciderà Pisco sotto ordine del capo dell'organizzazione per negligenza. Alla fine, si scoprirà che un'altra donna fa parte dell'organizzazione
- 188/189/190/191/192/193: The life or death recovery
Ran ha ormai praticamente scoperto la vera identità di Conan, per questo Ai gli consegna un antidoto temporaneo per convincerla del contrario. Contrariamente alle sue indicazioni, Shinichi apparirà in pubblico e porterà Ran in un ristorante, ma l'antidoto perderà la sua efficacia proprio in quel momento. Conan promette a Ran che Shinichi tornerà, e che dovrà aspettarlo
- 222/223/224: L'isola della sirena
Sembra che Shiho Miyano sia andata su un'isola nella quale gli abitanti sembrano essere molto longevi
- 226/227: Delitto in sala giochi
Primo episodio nel quale compare Jodie Saintemillion, misteriosa professoressa d'inglese di Ran. Sembra essere molto interessata al piccolo Conan...
- 230/231: Il dirottamento dell'autobus
Veniamo a scoprire il nome in codice della donna incontrata nell'episodio 178: si tratta di Vermouth, attrice americana arrivata in Giappone per indagare per conto degli uomini in nero sulla scomparsa di Sherry. La sua presenza è avvertita dalla stessa Ai su un autobus sul quale si sta compiendo un dirottamento. Presenti sull'autobus: Conan, Agasa, giovani detective, Jodie Saintemillion, dottor Araide, Shuichi Akai. A fine episodio, quest'ultimo misterioso passeggero fa sapere di "non aver trovato l'obiettivo"
- 242: Sulle tracce di Genta
A fine episodio veniamo a sapere che Gin è mancino
- 246/247: Il mistero avvolto nella rete
Ai e Ran si presentano per la prima volta. Nonostante le diffidenze iniziali, a fine episodio Ai si presenta a Ran con una calorosa stretta di mano
- 253/254: Storia d'amore alla centrale di polizia
Nel secondo episodio vediamo ancora Shuichi Akai in atteggiamento sospetto. A Ran sembrerà di aver già visto quell'uomo da qualche parte
- 258/259: L'uomo di Chicago
Per uno scambio di persona, l'americano James Black viene rapito. Anche Shuichi Akai si getta all'inseguimento dei suoi rapitori. A fine episodio, scopriremo che tra i due c'è un certo feeling, e che Akai si è tagliato i capelli dopo che la sua ragazza lo ha lasciato, alla quale vuol far piangere lacrime di sangue
- 266/267/268: Il delitto di San Valentino
Conan ricorda che James Black è cresciuto nella stessa città di Al Capone. Durante l'indagine Ran dichiara di aver visto un tipo sospetto; Conan pensa a Shuichi Akai e ha il dubbio che Ran lo conosca
- 269/270: Ricordo dimenticato di un delitto
Conan viene a sapere da Takagi che sono stati rubati i rapporti dei casi risolti da Kogoro, anche se poi sono stati restituiti: si teme che qualcuno lo stia tenendo sotto controllo. La cosa sembrerebbe essere avvenuta poco dopo il dirottamento dell' autobus, così Conan pensa di nuovo a Shuichi Akai che farà la sua comparsa nell'epilogo dell' episodio, fuori dall'agenzia Mouri. Anche lui è mancino
- 271/272: Abbreviazioni frettolose
Compaiono Jodie e, nel finale di episodio, Vermouth mentre parla in inglese con Gin. Scaglia una freccia su un bersaglio, con al centro una foto di Shiho mentre a lato quelle di Conan e Ran
- 277/278: Insegnante d'inglese contro famoso detective
Conan ha dei sospetti su Jodie, così insieme a Heiji va ad indagare a casa sua. Jodie sembra conoscere bene entrambi, visto che in bagno, di nascosto, tiene diverse foto di entrambi e di Shinichi il giorno del ritorno di Shinichi (questo a fine episodio, non trasmesso da Mediaset). Durante tutto l'episodio cercherà di scattargliene altre
- 279/280: Hooligan nel labirinto
Vediamo la scena di Chris Vineyard (Vermouth) al funerale di sua madre Sharon. Nell'epilogo non trasmesso da Mediaset, Conan promette ad Ai che l'avrebbe sempre protetta
- 284/285: Deja'vu sotto la pioggia
Ran sta male; a fine episodio ricorderà i volti di Shuichi Akai, di Sharon e di Shinichi
- 286/287/288: Shinichi a New York
Sogno-flashback di Ran che continua quello de "Il primo caso di Shinichi". Ran e Shinichi sono a New York con la madre di lui, quando incontrano Sharon che racconta loro la sua eccezionale abilità nel travestimento, che ha trasmesso anche alla figlia. Dopo un'indagine su un omicidio, Ran incontrerà Shuichi Akai che scoprirà essere un membro dell'FBI. Lei e Shinichi salveranno un pericoloso assassino giapponese da una morte accidentale
- 289/290: Mitsuhiko sparisce nel bosco
Scopriamo che Chiiro Numabuchi era una cavia degli uomini in nero, che avevano mandato a Shiho per testare su di lui l'APTX4869, ma è riuscito a scappare. Scopriamo anche che Ai ha perso il suo "fiuto per gli uomini in nero", che le permetteva di avvertire la loro presenza, a causa della vita ormai normale che sta conducendo