- Le nanomacchine di Snake sono di una generazione precedente al sistema attuale dei Patriots. Liquid prova più volta ad accedere al sistema e assumere il controllo delle nanomacchine, disattivandole per lo più. Però le nanomacchine di Snake non rispondono al sistema essendo "old gen" per così dire, quindi rispondono al tentativo di disattivazione con delle perturbazioni che disturbano l'organismo di Snake. È un po' come le sue nanomacchine andassero fuori uso e gli facessero del male. Tutti gli altri hanno nanomacchine correlate al sistema, quindi reagiscono come dovrebbero reagire. Le siringhe di Naomi servono a disattivare le nanomacchine momentaneamente (Snake non ha effetti sulla loro disattivazione perché essendo un soldato esperto e vissuto non gli cambia nulla averle o non averle) infatti gli altri soldati impazziscono perché sono inesperti e le nanomacchine inglobano le loro emozioni. Infatti, Snake userà quella siringa per disattivare le nanomacchine di Vamp per renderlo momentaneamente mortale.
- La faccenda è un po' più complessa. Liquid (Ocelot è ipnotizzato, crede di essere Liquid e quindi, prima degli ultimi 5 minuti, la sua personalità è ancora dominante) vuole distruggere l'IA principale del sistema e acquisire da GW il controllo completo, ma a quanto pare per disattivare tutto. Liquid non ha un virus per distruggere il sistema (lo sta lavorando in segreto Naomi dai dati recuperati dal Virus creato da Emma, unico Virus esistente in grado di danneggiare le IA, senza le conoscenze di Emma è impossibile distruggere le IA quindi Liquid, non sapendo si fosse conversato, sfrutta un metodo più materiale) Snake e compagnia però hanno il virus e Naomi e Sunny lo progettano (alla fine se Snake avesse vinto o avesse fallito per lui non sarebbe cambiato niente. O il virus o l'attacco nucleare, il risultato per lui è lo stesso). Snake riesce nell'impresa, si scontro con Liquid, Ocelot riprende coscienza ma muore. Il piano di Liquid (ma anche quello di Ocelot) è distruggere il sistema dei Patriots perché ciò avrebbe significato portare il mondo ad un'epoca più primitiva, priva di tecnologie e amiche. Decenni di evoluzione umana cancellata in pochi secondi. Il mondo sarebbe piombato nel caos, la gente si sarebbe combattuta per ristabilire il potere, e il mondo di Big Boss del mondo in eterna guerra si sarebbe realizzato. Però, Ocelot muore con l'illusione di essere riuscito nell'impresa, ma in realtà ha fallito miseramente. Sunny è riuscita a fare una modifica al Virus in modo che cancellasse solo la parte bellica e l'intelligenza artificiale vivente dei Patriots, ma tutti i dati che controllano l'economia, la tecnologia e così via è stata conservata. Quindi il mondo è tornato esattamente come prima che i Patriots ottenessero il potere, e il mondo non è diventato come voleva Ocelot, Liquid e Big Boss. Alcuni dicono che Ocelot è l'eroe della saga, ma è un'informazione inesatta. Ocelot ha cercato di fare la stessa cosa di tutti i cattivi della serie da MG1 a MGS2, cioè realizzare il sogno di Big Boss, e come gli altri ha fallito. Il virus di Emma, con il contributo di Naomi e Sunny ha salvato la situazione, mentre Snake si è occupato di portarlo. Non è solo Snake ad aver salvato il mondo, ma Snake e compagnia

Però ovviamente, è il "serpente" ad aver rischiato maggiormente la vita essendo il mezzo. Per farla breve, Ocelot non ha tenuto conto di Sunny e l'ha preso nel cu*o

Se Snake non avesse messo il virus, sarebbe piombato il caos.
- Drebin. In pratica gli inietta all'inizio (quando lo incontra la prima volta) un aggiornamento per le sue vecchie nanomacchine in modo che potesse usare le nuove armi. In realtà gli ha iniettato anche un nuovo Fox-Die (programmato per uccidere i membri dei Patriots che si sono rivoltati a Zero), però tale Virus più prematuro si sovrappone al vecchio virus che aveva da MGS1.
- Dopo Zanzibar Snake ha tecnicamente "ucciso" Big Boss. Praticamente è rimasta una carcassa di un "quasi cadavere" incapace di vivere o di essere salvato, ma che con l'ausilio di macchine avanzate capace ancora di respirare (quindi lo salvano, anche se è più cadavere che altro) e viene tenuto in vita quindi usando i dati del DNA per sviluppare il sistema di controllo dei Patriots. Poi Raiden ruba il corpo e succedono i casini. Solidus (che anch'egli è in stato vegetativo) è ridotto in quel modo perché i suoi arti sono stati usati per ricostruire Big Boss (probabilmente prima della ricostruzione, Big Boss era nelle condizioni di Solidus in MGS4)