Cosa succede in EOE:
La Seele vuole distruggere la Nerv e passare ai fatti(perfezionamento dell'uomo ma a modo loro) perche ha capito che Gendo fa il furbo ed ha un suo piano. Arrivano gli Eva prodotti in massa mandati dalla Seele ed attaccano Asuka, uccidendola. Insieme agli Eva viene mandato l'esercito giapponese che fa una strage e che tenta di catturare lo 01 e distruggere lo 02.
Intanto Gendo è in fondo alla basa insieme a Rei(Rei è Lilith+DNA della madre di Shinji). Ritsuko appare, vuole far saltare la base ed uccidere Gendo, ma il MAGI SYSTEM si rifiuta, viene uccisa da Gendo.
Gendo risolto questo problema inserisce l'embrione di Adam che ha sulla mano dentro Rei per iniziare il perfezionamento dell'uomo, Rei però tradisce Gendo, assorbe l'embrione di Adam strappando il braccio a Gendo e viene assorbita da Lilith("il tizio" sulla croce). Rei decide di andare da Shinji e dare tutto in mano a lui.
Frattanto Shinji ha attivato lo 01, vede Asuka e lo 02 in pezzi e tira scemo. Arriva Lilith insieme agli Eva Series prende lo 01 lo porta in cielo ed incomincia il perfezionamento.
Shinji e lo 01, gli Eva Series e Lilith sono in cielo. Viene richiamata la lancia che si fonde con L'eva01 e viene quindi creato un enorme simil albero, l'albero della vita che contiene i due frutti, quello della conoscenza che Adamo decise di mangiare e quello della vita che fu quindi destinato agli angeli rendendoli immortali. Ora Shinji è un ***.
Shinji è dissolto nel LCL e puo decidere quello che vuole fare dell'umanità. Inizia una paranoia visionaria con un grande senso che non stiamo qui a spiegare, Shinji decide quindi che tutti devono diventare LCL, ovvero il liquido arancione. Come ci diventano? L'individualità di ogni essere vivente viene abbattuto(il famoso AT-Field) e tutti si fondono in questo brodo arancio.
L'umanità è ormai un brodo e ognuno viene alla conoscienza dei pensieri di tutti.
Dopo un indagine introspettiva, Shinji decide di tornare al suo corpo fisico e di abbandonare il liquido. Lo spirito di Rei gli spiega che chiunque potra fare la sua stessa scelta o rimanere nel liquido. Lilith/Rei muore, Shinji si trova sulla spiaggia e spunta Asuka(che ha deciso anche lei di tornare in forma umana).
Shinji tenta di strangolarla, Asuka gli fa capire che è il mondo reale/che la sua paranoia durante il perfezionamento non era vera e non lo odia. Shinji scoppia a piangere ed Asuka con l'ultima battuta commenta il lavoro di mano che Shinji ha fatto ad inizio film(Lo sa anche lei perche erano tutti fusi nel liquido e tutti sapevano tutti i pensieri di tutti ). Fine.
Per il discorso di Misato e la lancia ti quoto wiki:
All'interno di The End of Evangelion sono numerose le spiegazioni che vengono date. La più curiosa è sicuramente quella che rivela Misato Katsuragi a Shinji Ikari mentre lo sta accompagnando all'Eva-01, ovvero quando afferma che gli esseri umani altro non sono che il Diciottesimo Angelo. Infatti tutti gli altri angeli, precedenti alla creazione dell'uomo, hanno rifiutato il frutto della conoscenza e hanno preferito il dono della vita, creature dalle svariate forme (ciascuna forma, se l'Angelo in questione avesse deciso di mantenerla, sarebbe poi stata mantenuta anche nella razza umana). In pratica ogni Angelo (con l'eccezione di Lilith, capostipite dell'umanità) è un ramo evolutivo di Adam, il primo Angelo. L'evoluzione migliore, più adatta alla vita, è costituita dall'uomo, che non può usare lo scudo dell'anima come protezione contro attacchi esterni, ma che può tuttavia utilizzare per prevenire attacchi psicologici e mantenere intatta la forma del corpo, in modo da non tramutarsi in LCL. È per questo che, nel momento stesso in cui il cuore viene aperto al mondo, ovvero si riescono a provare solo sentimenti positivi e di felicità, viene a mancare la necessità prima dell'A.T. Field negli esseri umani, quella di mantenere la forma del corpo, e dissolvendosi l'A.T. Field si dissolve anche il corpo.
La creazione dell'Albero della Vita, generato dalla fusione dell'Eva-01 e della Lancia di Longinus, è dovuta all'unione tra uomo e angelo: in questo caso l'uomo è rappresentato dall'Eva-01, derivato dalla stessa sostanza di Lilith che è il capostipite degli umani e l'angelo è rappresentato dalla Lancia di Longinus stessa, guidata dalla mano di Kaworu, quindi di un angelo. Si noti infatti come la lancia riesce a penetrare il nucleo dell'Eva-01 solo quando è Kaworu, non Rei/Lilith, a parlare con Shinji. Dunque, poiché gli Angeli hanno mangiato il Frutto della Vita, divenendo così immortali, e poiché gli uomini, dal canto loro, hanno mangiato il Frutto della Conoscenza, rimanendo quindi mortali, la riunione dei due frutti riporta all'Albero che li ha originati.
Le pergamene del Mar Morto sono rotoli che quelli della Seele seguono per il loro piano, c'è scritto tutto li sopra

Esistono veramente
Lilith è come Adamo un seme di vita, creato dalla razza ancestrale miliardi di anni fa e finito insieme ad Adamo sulla terra(per errore, perche dovevano andare in parti diverse). Gli angeli sono la progenie di Adamo, Lilith è il progenitore dei "Lilim": gli esseri umani.
Se guardi bene sia i frame delle puntate 25/26 e li confronti con quelli di EOE e confronti anche i dialoghi scopri che è lo stesso Shinji, essendo le ultime due puntate ed il film la stessa cosa vista da due punti di vista diversi
Il punto in cui sembra contento a fine 26 e quando decide di tornare in forma fisica in EOE