Nell'anno 2977, al termine di una futile ed immensa guerra, l'ultima speranza degli esseri umani è quella di tornare alla loro patria da cui erano stati costretti a partire. La guerra ha messo a rischio l'esistenza dell'intera umanità, mietendo miliardi di vite fra gli esseri umani che erano fuggiti dal devastato pianeta Terra per colonizzare lo spazio. Esiliati dalla Terra semidistrutta, gli esseri umani - proprio a causa di un'altra terribile guerra - vedono ora nel loro pianeta natale la loro unica risorsa. Proprio per questo la corrotta Coalizione Gaia, che controlla le comunità umane disperse nello spazio, si è impadronita del pianeta madre dell'umanità.
Harlock un misterioso capitano Corsaro, scomparso con la sua nave durante la "guerra del ritorno a casa", da tempo cerca di scoprire i segreti della Coalizione, non esitando a scontrarsi con le sue navi e a sostenere quanti si ribellano al potere ed alla corruzione del governo centrale. Dopo molti tentativi falliti Ezra, nuovo comandante della flotta di Gaia, non esita ad usare il suo giovane fratello Logan come pedina, infiltrandolo fra l'equipaggio dell'Arcadia, al fine ultimo di uccidere Harlock. Ma proprio l'incontro con questa figura leggendaria e con il suo straordinario equipaggio, proveniente dai 4 angoli dell'universo, modificheranno per sempre il modo in cui il giovane uomo guarda la vita e la realtà.
