Mettiamola così. Non c'è un punto del gioco dove ti dicono:"Scegli Kratos o Zelos", non è assolutamente così schietta la cosa.
Se tu giochi normalmente finisci per avere Zelos PER FORZA, ed è appunto canon. Diciamo che ad un certo punto del gioco, devi andare a parlare con qualcuno (che tral'altro non è nemmeno una scelta tra Zelos e Kratos, giusto per far capire(, se con quella persona non ci vai a parlare poi si unisce al party Kratos.
BTW si in un punto del gioco Zelos e Kratos POSSONO essere insieme, ma pure quello è alternativo, puoi pure non avere Zelos in quel punto e pure non avere nemmeno Kratos se è per quello.
Comunque alla fine tu basta che segui la storia del gioco normalmente senza fare cose strane e non hai problemi di scegliere niente in alcun punto.