I chozo sono una tribù nomade avanzata tecnologicamente, che si sposta nella galassia alla ricerca di pianeti da colonizzare. Essa è divisa in caste: ce n'è una di scienziati, pacifica, e una di guerrieri.
Quando Samus è bambina, un gruppo di Chozo arriva sulla colonia della federazione galattica dove lei vive coi suoi genitori. I chozo non sanno di essere seguiti da un gruppo di pirati spaziali (capitanati da Ridley), i quali distruggono la colonia e uccidono i genitori di Samus.
I chozo, sentendosi responsabili, adottano Samus e la portano sul loro pianeta: Zebes (il setting di Metroid/Zero mission e super metroid). Per garantirle di sopravvivere all'atmosfera del pianeta, le iniettano geni Chozo, e nello specifico anche quelli del generale della casta dei guerrieri del pianeta ZDR, Rostro di Corvo, che forse ha compreso il potenziale di Samus. Grazie ai geni, Samus può inoltre indossare una tuta organica Chozo avanzatissima, che le dona forza e abilità.
Forte di queste capacità, Samus cresce e comincia a lavorare come cacciatrice di taglie, al soldo della Federazione Galattica.
Intanto un altro gruppo di Chozo pacifici colonizza il pianeta SR388, dove scopre suo malgrado la specie autoctona definita come "parassita X", un essere in grado di replicarsi infinite volte e di infettare altri organismi, assumendone la forma. Per cercare di debellare questa pericolosa specie, i Chozo creano i Metroid, che distruggono gli X. Probabilmente ne mandano anche alcuni ai Chozo presenti sul pianeta Zebes, che è gestito dall'IA Mother Brain, un computer organico di tecnologia Chozo.
Ma su SR388 i Metroid cominciano ad evolversi in maniera inaspettata e a rivoltarsi contro i loro creatori. I Chozo chiedono quindi aiuto a Rostro di Corvo e ai suoi guerrieri, che arrivano sul pianeta. Ma invece di sterminare i Metroid, distruggono i Chozo pacifici e ordiscono un piano per trasferire i Metroid su ZDR, ed utilizzarli come armi biologiche. Per fare questo gli serve uno scienziato, quindi risparmiano Manto di Quiete (che vediamo in Dread) e lo portano sul pianeta. Ma uno dei soldati Chozo in missione su SR388 e tornato su ZDR, è in realtà un X in incognito, che causa un'epidemia sterminando tutti i Chozo tranne Rostro di Corvo e Manto di Quiete, che riescono ad isolare i parassiti in una zona del pianeta (Elun).
Qualche tempo dopo su Zebes, l'unità definita Mother Brain si evolve a tal punto da sviluppare una propria personalità, si rivolta contro i Chozo, e si allea coi pirati spaziali, aprendogli le porte di Zebes e permettendogli di entrare, sterminare i Chozo e impossessarsi dei Metroid.
Samus viene a sapere questo e torna sul suo pianeta natale per distruggere i pirati, mother brain e i metroid. (Metroid Nes)
Tempo dopo, la federazione scopre SR388 come pianeta natale dei Metroid e manda Samus a distruggerli definitivamente, perché essi rappresentano un pericolo gigantesco per l'intero Universo. Samus esegue e distrugge tutti i metroid di SR388, fuorché una larva che si schiude davanti ai suoi occhi, sviluppando con lei un imprinting.
Intanto Rostro di Corvo, riorganizzatosi, decide di tornare su SR388 e riprovare e catturare i metroid per portarli su ZDR. Ma una volta là, scopre che tutti i Metroid sono stati annientati da Samus. Se ne torna quindi a mani vuote su ZDR.
Samus invece, porta di corsa la larva di metroid presso un laboratorio orbitante della federazione, per permettere agli scienziati di studiare gli organismi. Ma Ridley assale il laboratorio, ruba la larva e la porta su Zebes, dove una squadra di pirati spaziali si è riorganizzata in segreto.
Qui i pirati creano altri metroid dalla larva rapita. Arriva Samus, distrugge i pirati e una nuova versione di Mother Brain, grazie al sacrificio della larva metroid come vediamo nello scontro finale, e fa esplodere Zebes. (super metroid)
I metroid sono ora tutti sterminati.
Tempo dopo Samus viene inviata a perlustrare il pianeta SR388, per vedere se vi siano ancora Metroid vivi (se non sbaglio il motivo è questo), ma entra in contatto con un parassita X, che la infetta facendola quasi morire. Da quando i metroid sono stati sterminati, infatti, gli X hanno ripreso a proliferare.
Samus viene portata in una base laboratorio della federazione e le viene iniettato un vaccino metroid, per fermare l'infezione dell'X. Samus così si salva.
La sua classica tuta è pero ormai compromessa dall'infezione e le viene asportata. Dalla sua tuta si crea un clone X in tutto e per tutto uguale a Samus, che le da la caccia durante la sua esplorazione della base laboratorio, dove si stanno verificando strani eventi.
Qui Samus, guidata dall'IA che lei soprannomina ADAM, in memoria del suo defunto superiore/amico ai tempi dell'accademia militare, scoprirà che una frangia di ex militari della federazione ha intenzione di ricreare i Metroid e di utilizzarli come armi biologiche. Insieme a questi, vuole servirsi anche degli X e di altre mostruosità presenti sull'astronave, tra cui un clone di Ridley. Grazie al suo nuovo sangue Metroid, Samus è l'unica in grado di affrontare gli X senza farsi infettare.
Il piano dei militari salta e Samus elimina gli X, i Metroid clonati e le altre armi biologiche del laboratorio, distruggendolo e andando via con ADAM, che scoprirà essere realmente la coscienza del suo ex superiore impiantata in un computer. (metroid fusion)
Tempo dopo, la federazione invia un gruppo di EMMI sul pianeta ZDR, i quali scompaiono. Contatta quindi Samus e le affida la missione di recupero.
Samus atterra, incontra Rostro di Corvo e viene sconfitta. Rostro di Corvo intanto hackera l'IA di ADAM e lo utilizza per guidare Samus in una sorta di addestramento volto a tirare fuori il massimo potenziale dei suoi geni Metroid. Alla fine i geni Metroid di Samus si risvegliano completamente, rendendola fortissima e permettendole di distruggere Rostro di Corvo, gli X presenti sul pianeta (quindi probabilmente gli ultimi) e il pianeta stesso.
Ora Samus è l'ultimo Metroid esistente.
