Tutti gli Eva hanno un anima, questo viene detto da Ritsuko durante la serie. L'anima è sempre della madre morta del pilota, ma Rei è un clone e non ha una madre quindi di chi è l'anima dentro lo 00? Ritsuko non può essersi sbagliata e sa piu di quello che dice quindi una sega di mente dalla communità dei fan era d'obbligo:
L' Eva-00 ha cercato di attaccare Gendo Ikari, Ritsuko, ed il proprio pilota Rei Ayanami molte volte durante la serie.
L'Eva-00 sembra anche respingere violentemente Shinji nell'episodio 14, anche se questo non può essere colpa di Shinji in particolare, ma è solo perché qualcuno che non era il suo normale pilota stava cercando di sincronizzarsi con lei(lo 00). Shinji vede un '"impressione" di ciò che pensa sia Rei mentre è sincronizzato con lo 00, ma conclude dicendo "... non è lei?", Lasciando intendere che "l'impressione" che vede non è la "Rei" che lui conosce. Rei parla allo stesso modo di "me dentro l'Eva" e conferma questo quando Armisael entra in contatto con lei dicendo: "Chi è? Me? La me dentro l'Eva? No, sento che c'è qualcuno altro che non è me."
Nell'episodio 25 Rei vede la stessa "Rei" vista da Shinji e viene indicata come Rei 1 nello script. (Ndr: Rei 1 è la prima ed è uccisa da Naoko, Rei 2 è la Rei che incontra Shinji e che esplode con lo 00, Rei 3 è la Rei che si vedra fino alla fine della serie.)
Vecchie teorie volevano che lo 00 non abbia un anima, ma cio è impossibile, è stato smentito nell'episodio 23. Un altra teoria vuole che sia di Naoko l'anima all'interno dello 00. Impossibile anche questo perche Naoko odiava Rei, quindi perche mettere la sua anima internamente al robottone che doveva usare Rei? In piu questa teoria non da spiegazioni su quello che vede Shinji nell'episodio 14.
La teoria che piu viene considerata possibile è che l'anima dello 00 sia quella di Rei 1. Presumibilmente, un periodo indeterminato di tempo dopo la morte di Rei 1, una parte della sua anima è stata posta all'interno dell'Eva-00, ed il resto è stato usato per la prossima clone di Rei Ayanami , Rei 2.
Ma Rei 2 è viva e vegeta ed interagisce con Shinji e Asuka a Tokyo-3, come potrebbe essere perciò la sua anima nell'Eva-00? Questo è spiegato dal caso della madre di Asuka, Kyoko Soryu Zeppelin. Mentre la madre di Shinji, Yui Ikari, è stata completamente assorbita, anima e corpo nel Eva-01, solo la parte di anima di Kyoko contenente i suoi aspetti materni è stata assorbita nell'esperimento di contatto con l'Eva-02. Così Kyoko era ancora viva e cosciente, anche se il processo aveva risucchiato una parte della sua anima facendola diventare clinicamente pazza.
Questo potrebbe spiegare perché il comportamento di Rei 2 sembra staccato e ritirato dal mondo, proprio come Kyoko è impazzita dopo aver perso parte della sua anima, il carattere di Rei è cambiato dopo che una parte di anima è stata levata senza però portarla alla pazzia(circa : D)