1) Sì
2) Probabilmente si è trattato di un bug. Ma potrebbe anche essere una metafora di Yoko Taro su come l'imperfezione ed i nostri continui sbagli siano anch'essi necessari per la vita.
3) Ovviamente non gli umani, visto che sappiamo dai documenti che l'umanità era già estinta all'alba del progetto Yorha. Credo si possa fare un discorso analogo per gli alieni, A2 è uno dei primi modelli e durante la sua prima battaglia si trattava già di una guerra su procura, con gli alieni presumibilmente morti nel sottosuolo (per averne la certezza bisognerebbe incrociare la data dell'attacco di Pearl Harbor con la data dell'ultimo avvistamento alieno, citata quando si apre la voragine nella città), inoltre gli alieni non avrebbero avuto alcun motivo di creare gli Yorha per asservirli alla resistenza (a meno che non si sia trattato di un disperato tentativo di contrastare le biomacchine dopo la loro ribellione, ma è una teroia che non mi convince, non c'è alcuna evidenza in tal senso). A questo punto o sono stati creati dalla resistenza (ma questo implicherebbe che la resistenza, almeno per quanto riguarda i suoi vertici, fosse a conoscenza dell'estinzione della specie umana. Il che a ben pensarci avrebbe anche senso, spiegherebbe il perché della backdoor, ovvero evitare che tutti i membri della resistenza vengano a conoscenza della verità sulla base lunare) oppure dalle stesse biomacchine, forse, come dici, per protrarre la guerra e forzare così al propria evoluzione, culminata nella nascita di Adam e Eve.
4) No, i soli personaggi presenti anche in NieR Gestalt/Replicant sono Emil, Devola e Popola, anche se in realtà non si tratta degli stessi Emil, Devola e Popola (Emil si è replicato per tentare di respingere l'invasione aliena, mentre le Devola e Popola di Automata sono androidi della stesso modello di quelle di Gestalt/Replicant, ma specificamente si tratta di unità differenti). Però non ho mai giocato i tre Drakengard, quindi non so se ci sia qualche altro rimando, per cui mi gioco l'evocazione di Gambit.
5) Credo segua indistintamente i due finali, se ben ricordo vediamo i due pod eseguire delle operazioni di riparazione, quindi è compatibile con entrambi i finali
) per gli altri utenti. 