Tutta la storia di Nier Replicant parte dal finale E di Drakengard.
In questo finale il protagonista insieme al suo drago, mentre affrontano il boss finale, finiscono per essere teletrasportati nella tokyo del nostro mondo nell'anno 2003. Alla fine riescono ad uccidere il boss finale, per poi morire uccisi loro stessi.
Purtroppo i resti di questo boss iniziano a spargersi nell'aria portando una malattia negli esseri umani chiamata "sindrome della clorinazione bianca".
Gli umani colpiti da questa sindrome finiscono o per diventare statue di sale, quello che vedi nel prologo non è neve ma appunto il sale, oppure perdere la ragione e diventare esseri super aggressivi e violenti che attaccano gli altri uomini.
I ricercatori del mondo, cercando di trovare una cura, elaborano la tesi secondo cui, il protagonista di drakengard, il suo drago e il boss finale, provengano da un'altra dimensione e con se hanno portato nel nostro mondo un elemento "magico", non presente da noi, denominato Maso.
Non trovando una vera e proprio cura, tramite ricerche si scopri la possibilità di separare l'anima dal proprio corpo. Questo fenomeno fu chiamato Gestaltizzazione.
Da qui parti il cosiddetto "Progetto Gestalt" con il quale si sarebbero separate le anime dai corpi per preservarle fino a quando la sindrome non fosse finita.
Altro elemento cardine del progetto fu la creazione dei cosiddetti "Replicant", involucri biologici vuoti che avevano due compiti:
1) Affrontare la minaccia composta da tutte questi umani infetti, diventati senza controllo, in modo da toglierli di mezzo e cosi evitare che possano continuare a diffondere questa sindrome
2) Fungere appunto da involucro a cui successivamente l'anima umana potrà unirsi per riformare la "vera umanità"
Ovviamente l'anima, chiamata anche Gestalt, uscita dal corpo assume l'aspetto, che doveva essere solo temporaneo, di ombra.
Insieme a questo furono creati dei Grimori tramite l'inserimento di Gestalt in dei libri. Questi Grimori, i cui due principali erano Noir e Weiss, avevano appunto lo scopo di dividere l'anima dal corpo ed unirla al Replicant.
Il progetto però si trovò ad affrontare due grosse problematiche:
1) Il processo di Gestaltizzazione, con cui si usciva l'anima dal corpo, causava una destabilizzazione nei Gestalt. Questa instabilità poteva addirittura portare le ombre a perdere il controllo finendo per diventare entità "mostruose" che attaccavano anche i Replicant. Questa instabilità fini per causare, nei rispettivi Replicant, la comparsa della cosiddetta "Necrografia"
2) I Replicant iniziarono a sviluppare una propria coscienza
Per questo motivo si decise di distribuire varie copie del Grimorio Noir nel mondo con la speranza di trovare qualcuno in grado di completare con successo il processo.
Si arriva finalmente al prologo in cui "Nier" stringe un patto col Grimorio e riesce nel processo senza alcun problema, il patto stretto dalla sorella Yonah tuttavia si rivela un fallimento e finisce come conseguenza per rimanere affetta dalla Necrografia.
Nier, denominato adesso Gestalt Originale avendo completato il processo con successo, stringe un patto con le autorità in cui lui forniva il suo dna, necessario per la stabilizzazione di tutti i Gestalt, con in cambio la promessa di salvare la sorella.
Nel frattempo vengono creati degli androidi, come Popola e Devola, il cui scopo sarà quello di osservare tutto questo processo e portarlo a compimento.
I lavori però non procedono bene perchè il dna utilizzato, del Gestalt Originale, riscontra dei problemi e per cui il processo non puo, temporaneamente, essere portato a compimento.
Passano cosi 1400 anni in cui i Gestalt sono rimasti ombre tutto questo tempo. I Replicant hanno tutti acquisito una coscienza ed, essendo all'oscuro della vera natura delle ombre, credono siano solo dei mostri senza controllo che gli danno la caccia.
Da qui parte la storia del nostro protagonista alla ricerca di una cura per la sua sorellina.
