No, la storia e' uguale. Replicant e' il gioco originale, Gestalt e' una versione modificata su consiglio del team americano che si occupava della localizzazione.
Ci sono effettivamente cambi di date nel Gestalt per accomodare le diverse eta' dei personaggi, ma le scene e i dialoghi sono proprio uguali.
Cmq se sai un minimo di Giapponese ti consiglio assolutamente il Replicant. Il Gestalt e' esempio di una localizzazione troppo invasiva e fatta male. La storia del gioco e' stata scritta definitivamente per il protagonista del Replicant... sostituito malamente con un personaggio piu' vecchio e muscoloso nella versione occidentalizzata. Non ti dico altro per non spoilerare, ma se arrivi a meta' della versione Replicant, capirai perche' il "padre" ha molto meno senso all'interno della storia.
EDIT: Ho letto anche tutto il libro Grimoire Nier, purtroppo l'ho pero' venduto, ma ho tenuto qualche foto interessante, tra cui anche alcuni design iniziali del protagonista e della sorella: