Sì, con spada intendeva Excalibur. Consuma un sacco di energie usarla. Un servant per attaccare al massimo con il suo noble phantasm deve urlare il suo nome, quindi in effetti il nome della spada coincide con il nome della "mossa"
Il combattimento tra Shirou e Gilgamesh è spiegato bene anche nell'anime. Per quanto Shirou sia bravo a replicare i noble phantasm non avrebbe nessuna speranza ad usare contro un servant una copia del suo noble phantasm perché il servant sarebbe sicuramente più abile a maneggiarlo. Questo non vale nel caso di Gilgamesh, dal momento che lui dispone di una quantità quasi illimitata di NP e quindi non si è specializzato nell'utilizzo di nessuna arma in particolare (forse solo Enuma Elish, ma nello scontro finale non è riuscito ad evocare per un soffio). Per cui Shirou è il nemico naturale di Gilgamesh, come Gilgamesh era il nemico perfetto per Berserk (dal momento che quest'ultimo doveva essere ucciso da 12 noble phantasm diversi dalla potenza di attacco pari o superiore ad A). Insomma ognuno ha il suo punto debole e il suo nemico naturale.
Kotomine ha ordinato a Lancer di suicidarsi e quindi quest'ultimo si è provocato da solo una ferita mortale. Però Lancer ha un'abilità (skill) molto utile e caratteristica che è Battle Continuation A, che gli conferisce un'incredibile vitalità e tra le altre cose gli consente di sferrare un ultimo attacco prima di morire definitivamente. Per cui Lancer ha effettivamente obbedito agli ordini. Kotomine non gli ha mai ordinato di non attaccarlo.
Archer alla fine scompare perché era praticamente già morto dopo le ferite mortali provategli da Gilgamesh. Ha solo tenuto duro per sferrare la freccia decisiva durante lo scontro finale, ma ormai non aveva praticamente più energia magica.
Come ha fatto Rin ad evocare Shirou in una timeline in cui non diventerà un Counter Guardian in futuro? Probabilmente questo viene spiegato in uno dei tanti spin-off/serie alternative del mondo di Fate/. Io mi sono fatto una mia idea, ovvero che il mondo degli eroi oltre che ad essere a-temporale, è pure a-dimensionale. Ovvero che nel mondo degli eroi esistono tutti gli eroi di tutte le dimensioni alternative.