"Qualcosa" è sicuramente successo a loro due. Le due motivazioni che mi vengono in mente sono:
1. Come dice King, probabilmente è stata Eida, nel suo inconscio, ad aver reso immune le due ragazze.
2. Probabilmente perché loro due provano un sentimento profondo per Boruto, e quindi le loro memorie son rimaste inalterate.
Del resto, Momoshiki stesso dice che coloro ad essere immuni ad Onnipotenza sono quelli che soffrono di più.
It's power of love..
King Glice potrebbe comunque avere un senso, visto che Mitsuki essendo allora un ragazzino appena scappato di casa(o labortario?

), forse non capiva ancora i suoi veri sentimenti(e probabilmente crescendo poi lo ha maturato) quanto le due ragazze.
L'amore di Hima per Boruto è diverso, è soltanto fraterno. Lei poi voleva bene ad entrambi, infatti nel timeskip si rifiuta di credere che Boruto abbia ucciso i suoi genitori.