Mari non è neanche un personaggio di Anno, ma di Tsurumaki (che dai Rebuild e da come si può vedere essendo presente in questa nuova serie è diventato a tutti gli effetti l'uomo Evangelion, più di Anno che ormai si godrà le royalties).
Parole loro
We have seen various articles, videos, etc. that claim Mari was modeled after Anno's wife, but this merely only the assumption and speculation of a handful of people. At the time of production, this would have been impossible. Mari's personality (as well as Asuka Shikinami and others) was created by director Tsurumaki's hand [rather than Anno]. It's a bit of fun for the audience to interpret characters and storylines as they wish, and [Evangelion 3.0 + 1.0] is a playground of intellectual fan speculation. That being said, it is sad to see the staff and their families disparaged by baseless assumptions, so we will clearly deny that this is the case.
A cui si aggiunge anche il fatto che hanno specificato che la scena finale non aveva intenti romantici.
Per l'appunto poi sono andati a ripescare la backstory di Sadamoto (che all'epoca ne sapeva quanto noi di come dovevano evolversi i Rebuild)
Per altro Anno nell'ultimo film ha detto che non si sente neanche più di tanto Shinji, identificandosi più in Gendo (a questo serviva il confronto tra di loro).