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Nah i progressi delle subquest restano, l'unica cosa è chedevo solo stare attento alle sidequest che si resettano nelle rune successive, ai teleport per non risultare troppo ripetitivo durante la run, e al save che non ricordo quando ti cancella il tuo save per andare avanti, li bestemmierei tanto.
I diversi pg ne hanno alcune esclusive
In ogni caso vai tranquillo che, anche se potrà sembrarti così, non ci sono missabili (tranne una subquest forse all'inizio inizio del gioco)
Per il teleport sì, invece di massacrarti le balle di backtracking come ho fatto io se aspetti il viaggio rapido per fare lunghi tragitti ti farai un bel regalo

Per la terza cosa che hai detto, è assolutamente impossibile che avvenga senza che tu te ne accorga per tempo