cerco di essere il più sintetico possibile... piccola doverosa premessa,
yaldabaoth è nato dalla cognizione negativa della massa... i pensieri distorti e negativi della massa venivano concentrati tramite gli shadow nel nucleo del memento e da qui si è formato il sacro gral che ha preso autocoscienza di se. Formatosi da emozioni/pensieri/cognizione negative la sua sfiducia verso l'umanità era palese, in qualche modo è entrato nella velvet room, ha diviso in due lavenza affinchè non ricordasse nulla e si è sostiuito a igor. Indeciso su cosa fare del mondo e dell'umanità ha donato il potere del trickster (cioè quello di evocare più persona) a 2 esseri umani: akechi e joker. Il primo ha usato il potere del trickster per fare andare in berserk gli shadow e causare tutta la serie di arresti mentali, joker ha usato il potere del trickster per il change of heart. Se tra i due avesse trionfato akechi, avrebbe voluto dire che il mondo sarebbe stato al di là di ogni possibile redenzione e quindi sarebbe stato distrutto. Se avesse trionfato joker, avrebbe voluto dire che le persone con desideri distorti potevano essere "redente" o molto più semplicemente tenute sotto controllo tramite il change of heart. Tra i due a trionfare è stato joker, difatti kamoshida, shido e tutti gli altri boss sconfitti durante l'anno, con shadow così potenti da sviluppare un proprio palace nel metaverso, a fine gioco si vedono pentiti e "contenti" di essere in gabbia nel memento e a rinunciare alla propria libertà di pensiero. Una volta che yaldabaoth fonde il mondo con il metaverso, tolta una ristretta cerchia di persone, nessuno si accorge del cambiamento perchè il mondo decadente derivato dalla fusione con il memento era già la loro cognizione del mondo stesso che ha contribuito a creare yaldabaoth. A questo punto yaldabaoth propone a joker e i PT di collaborare con lui, se joker accetta si ottiene un bad ending dove i PT continuano ad operare per tenere a bada l'umanità tramite il change of heart per ordine di yaldabaoth, se si rifiuta si va verso il true ending con la sconfitta di yaldabaoth.
Prima e durante la storia di P5, alcuni scienziati e ricercatori giapponesi sapevano già dell'esistenza del mondo cognitivo. Dato che akechi ha prestato i suoi servigi a shido, quest'ultimo preso da una smania di potere ha fatto in modo che tutte le ricerche sul metaverso venissero sospese in modo da avere il controllo totale sulla questione per essere l'unico a trarne beneficio. La madre di futaba che era una ricercatrice in quel campo venne uccisa da akechi tramite un arresto mentale che ha causato un incidente mortale. Contemporaneamente a questi eventi, anche maruki stava facendo ricerche sul metaverso fin quando accadde una tragedia, durante un furto in casa della fidanzata, furono uccisi i genitori di lei e lei stessa rimane traumatizzata in stato catatonico. Mentre un giorno maruki era a farle visita in ospedale, speranzoso del fatto che le sue ricerche avrebbero potuto aiutare le persone vittime di gravi traumi emotivi, scoprì che quella che apparentemente era solo una voce nella sua testa era in grado di permettere a maruki di cambiare a piacimento la cognizione delle persone... difatti usando più o meno inconsapevolmente questo potere sulla sua fidanzata, quest'ultima guarì immediatamente dal suo stato catatonico perchè il trauma che ebbe subito venne semplicemente "sovrascritto" da falsi ricordi, il prezzo da pagare per maruki fu cmq salato perchè la sua ragazza non aveva più memoria di chi fosse maruki e la morte dei suoi genitori fu sostituito da un evento fittizio meno traumatico e remoto. Maruki continuò le sue ricerche fin quando anche la sua università lo sollevò dall'incarico per via delle pressioni di shido, successivamente maruki aprì uno studio privato e mosso da benevolenza si mise a curare in proprio persone sofferenti da traumi emotivi usando i suoi poteri. Ad un certo punto, sicuramente prima degli eventi di P5, in qualche modo che il gioco stesso però non specifica mica, maruki divenne in grado di entrare fisicamente nel suo stesso palace situato situato nella variante cognitiva del luogo dove l'università avrebbe dovuto finanziare un certo di ricerca sul metaverso, in questo palace probabilmente stava studiando e mettendo in pratica tecniche più efficaci per l'uso dei suoi poteri o molto semplicemente stava continuando a studiare la natura del metaverso.
Appena prima degli eventi di P5, maruki "cura" sumire yoshizawa alterandole la cognizione in modo che si sentisse di essere sua sorella kasumi per superare lo shock della sorella morta in un incidente stradale per salvarla. In qualche modo anche qui non meglio specificato nel gioco, ad aprile, maruki riesce ad intercettare joker, morgana, ryuji e ann uscire dal metaverso apparendo dal nulla nel mondo reale vicino la loro scuola; dopo qualche giorno si viene a sapere del change of heart di kamoshida. A questo punto maruki fa 2+2 e capisce che quei ragazzi usciti dal metaverso sono stati in grado di modificare la cognizione di una persona costringendola a rivelare i propri crimini.
Maruki si offre così come consulente volontario per la shujin e nel corso dei mesi tramite i colloqui con joker e gli altri phantom thieves (di cui lui cmq conosceva l'identità) arriva sia a scoprire i loro desideri più profondi, sia a completare le sue ricerche sul metaverso.
Arrivati al 24 dicembre, maruki torna dal suo professore universitario che gli sospese anni prima le sue ricerche e gli presenta il frutto finale delle sue ricerche sul metaverso, rivelandogli anche di essere a conoscenza del fatto che c'era shido dietro la sospensione della sua ricerca. Durante la discussione con il suo ex professore, yaldabaoth aveva unito il memento con il mondo reale, perciò trovandosi a tutti gli effetti nel metaverso, maruki è l'unico nella stanza a notare i cambiamenti del mondo e subito dopo realizza che quella voce che gli aveva concesso il potere di cambiare la cognizione delle persone è in realtà azathoth, il suo persona, che si manifesta chiaramente per la prima volta in quella situazione essendo per un persona impossibile manifestarsi nel mondo reale in situazioni normali.
Mentre i PT lottavano contro yaldabaoth; maruki, influenzato pesantemente dal suo persona, entra nel memento e intuisce subito che se yaldabaoth è nato dal frutto della cognizione di massa riversata dentro il memento, sfruttando lo stesso processo ma all'inverso, maruki sarebbe stato in grado di far imporre la sua cognizione alla massa, arrivando a creare un mondo perfetto per tutti. Cosa che accade appena yaldabaoth viene sconfitto.... in questo nuovo mondo è akechi che si consegna alla polizia al posto di joker e si verrà a scoprire in seguito che è ancora vivo perchè maruki esaudisce il desiderio recondito di joker di essere amico/rivale di akechi, così come i vari genitori di makoto, haru e futaba che vengono apparentemente fatti rivivere... persino il desiderio di morgana di essere un umano viene espresso a causa della manipolazione di massa da parte di maruki. Joker e akechi sembrano essere gli unici a capire che c'è qualcosa che non va e insieme a kasumi arrivano al palazzo di maruki e scoprono la verità sulla realtà alternativa creata da maruki e su i suoi poteri di cui sumire stessa ne è inconsapevolmente "vittima". Nel giro di qualche giorno anche gli altri TP capiscono di vivere in una realtà fittizzia, riacquisiscono la loro cognizione libera dall'influenza di maruki e decidono di ribellarsi inquanto per quanto dolorosa possa essere la vita, ognuno è cmq libero di scegliere per se piuttosto che vivere ina una vita apparentemente perfetta ma decisa da altri.
Per quasi tutto il mese di gennaio, maruki tenta di convincere bonariamente joker e gli altri TP ad accettare la sua realtà inquanto pensa sia cmq sbagliato imporla a prescindere, ma fissa una scadenza (il 2 febbraio) dove joker dovrà scegliere se accettare o meno questa nuova realtà.
Se joker entro quella data non prende una decisione, maruki lo "condannerà" ad un sonno eterno nel mondo reale; se joker accetta la realtà di maruki, quest'ultima diverrà la realtà effettiva dove tutti sono contenti e realizzati ma joker vivrà il resto della sua vita consapevole che quella vita è un illusione, se invece joker decide di opporsi, i TP lotteranno contro maruki e nonostante l'evoluzione del suo persona in adam kadmon, maruki alla fine viene sconfitto, il suo tesoro rubato e il metaverso viene di nuovo resettato con la realtà che torna ad essere quasi del tutto uguale a quella normale di P5 post yaldabaoth (joker in carcere, akechi scomparso, genitori di haru, makoto e futaba deceduti etc...) con solo i TP che manterranno i ricordi della realtà alternativa di maruki. Quest'ultimo capisce di essersi spinto troppo in là con le sue azioni nonostante le sue buone intenzioni e realizza che l'unico modo per andare avanti nella vita è fermarsi e ricominciare da zero e affrontare i problemi piuttosto che cercare un mondo illusorio. Difatti molla ogni ricerca sul metaverso e inizia a fare il tassista.