Xenogears e la Xenosaga non sono parti della stessa storia , al massimo possono svolgersi nello stesso Universo poichè hanno alcuni punti di contatto , ma sono storie indipendenti, la ragione ovvia per cui non poteva essere diversamente è il copyright, Xenogears appartiene a Square Enix , inoltre la Xenosaga è composta anch'essa di 6 episodi o meglio avrebbe dovuto ma è stata interrotta all'ep III ,.
La cronistoria di Perfect Work aggiungo prevedeva episodi staccati secoli fra loro , Xenogears avrebbe dovuto avere un respiro amplissimo si doveva partire dal ritrovamento dello Zohar sulla Terra (il monolite dorato presente in entrambi i giochi) che abbiamo effettivamente visto in Xenosaga per poi coprire gli eventi dell'umanità nello spazio incluso il Naufragio della Eldridge (non è spoiler è il filmato d'inizio di Xenogears) e le vicende dell'umanità sullo Xenopianeta fino a 500 anni dopo la fine di Xenogears coprendo un arco di oltre 10.000 anni , I protagonisti avrebbero dovuto essere sempre diversi anche se collegati fra loro in modi che non posso spoilerare . Gli eventi della Xenosaga invece hanno luogo pochi secoli dopo il ritrovamento dello Zohar e si svolgono in pochi anni avendo sempre gli stessi protagonisti anche se le vicende di ogni episodio sono incentrate su diversi elementi della vicenda.
Vi sono però moltissimi punti di contatto , è vero che in Xenogears non si fa alcun cenno dell'invasione Gnosis , ma è anche vero che dopo il naufragio della Eldridge , l'umanità è ridotta in una situazione precaria se non addirittura allo stato primitivo e fra quel naufragio e gli eventi di Xenogears trascorrono 10.000 anni di totale isolamento dal resto della Galassia pertanto non è impossibile che non ne sappiano niente , è però impossibile che non se ne faccia cenno in Perfect Works ed è per questo che si sostiene che non solo le storie sono separate, ma non hanno nemmeno in comune lo stesso universo.
I punti di contatto però sono veramente tanti, ma tanti tanti