Ricordi il finale del gioco dove all'apparizione di Zack appariva anche la busta col simbolo degli Avalanche? Se noti è diverso. Lì si capiva, più o meno, visto che il team è comunque andato oltre Midgar, che fosse un universo alternativo dove Zack non è morto.
Poi si capisce altro dai trailer di Rebirth.
Al 99% avremo parte del gioco nella realtà parallela dove Zack è vivo ed è tornato con Cloud ancora infestato mentalmente dalla Mako (se conosci Crisis Core dovresti capire). Cosa faranno lì e come si intersecherà con la time line originale non si sa, ma è probabile che non si intersecherà mai se non sul finale con qualcosina messa lì per fare qualcosina appunto di particolare

Semplicemente vogliono dare contenuto nuovo anche a chi conosce la trama base del gioco.