Ma Kojima fa anche un genere di videogiochi completamente diverso, e i due esempi che hai fatto hanno una struttura che non è paragonabile a quella dei jrpg. Nei jrpg è tutta questione di bilanciamento fra combattimenti, esplorazione e di quantità di contenuti. MGS e ZoE sono degli action strutturati a livelli (di cui il primo stealth, in cui metà del tempo si passa a guardare cutscene animate, peraltro), genere totalmente agli antipodi, e a conti fatti non hanno neanche lontanamente la quantità di contenuti che ha un jrpg medio (entrambi i giochi li finisci mediamente in 10-15 ore), ci credo che sono meno rognosi da sviluppare.
Riguardo la ripetitività dei mostri di FFXIII, continuo a dire che molto probabilmente non hanno avuto il tempo di inserirne di più. Quando fai il design di un gioco ambizioso e di una serie conosciuta come FF, difficilmente pensi a una quantità limitata di mostri, e i mostri colorswappati sono di solito sintomo di una mancanza di mezzi/tempo per poterne includere altri.
I giapponesi, in generale, li trovo davvero superiori soltanto nella realizzazione del 2D (sia per quanto riguarda gli sprite, sia più semplicemente per le componenti bidimensionali che compaiono nei giochi, come menù e cose di questo genere... I menù di un Far Cry 3 sono qualcosa di statico, laggoso e legnosissimo, a confronto), ma per i giochi tridimensionali penso abbiano ancora molta strada da fare, anche se stanno facendo passi da gigante negli ultimi anni.
Inoltre, come già detto prima, non credo sia saggio confrontare lo sviluppo durante gli anni '90 con quello odierno. I giapponesi hanno una filosofia di sviluppo molto diversa da quella occidentale, e per certi versi devono ancora maturare.