Sostanzialmente, tu fai parte di una Ditta Trasporti di un Pianeta lontano e vieni mandato sulla Ehmcoffcoff
Terracoffcoffehm per cercare beni, frutta, tesori e quant'altro. Una volta giunto qui trovi queste creature simil piante/animali che nel primo gioco vengono chiamate Pikmin da Olimar per via della loro somiglianza alle carote del proprio Pianeta (dal nome Pikpik //content.invisioncic.com/a283374/emoticons/emoticons_dent1005.gif) che ti aiutano nella ricerca e soprattutto nel trasporto di questi fino alla navicella. Ma il compito non è semplice a causa dei mostri (per lo più insetti, vermi, rane, talpe eccetera) che ovviamente non ti renderanno la vita facile e delle insidie che nascondono i vari luoghi che andrai a visitare. Ogni Pikmin si differenzia dall'altro per le abilità e per la forza, quindi la strategia è alla base di tutto.