Durante tutto il gioco veniamo a conoscenza, specialmente trovando alcuni file, che Eve e compagnia bella sono androidi, che Raphael Marks\Adam ha creato una AI per aiutare il pianeta ma che fa compagnia a Skynet nel voler sterminare gli umani organici e rimpiazzarli con fac-simile robotici (ma mortali...), convincerli che sono una nuova razza umana far sì che la venerino come divinità; questo ha portato gli umani organici a rifugiarsi sotto terra, pacioccare con il loro DNA ed "evolvere" nei Naytibas, esseri senza ragione che infestano il pianeta allo scopo di spazzare via le creature di Mother Sphere. Gli angeli che mondano il pianeta dai demoni non sono quindi altro che emissari di morte di chi ha causato la caduta della vera razza umana.
Adam è l'Elder Naytiba, il più vecchio e forte di essi, e vuole fondersi a Eve per dare una speranza a una nuova razza, ossia dei cyborg con DNA umano. Ora, nel True ending Eve accetta, i due si fondono e devono affrontare il mech comandato da Mother Sphere con Lily al suo interno (quest'ultima riesce a uscirne grazie a un hack trovato su Eidos 9), dopodichè l'AI confronta Eve e Lily sotto forma di ologramma e abbiamo una scena tipo fine di The One. Dopo i titoli di coda, Eve è una sorta di angelo protettore degli Andro-Eidos di Xion, pronta a combattere i soprusi di Mother Sphere.
Il finale dolceamaro, a quanto ne so, è identico tranne per il fatto che, per sbloccarlo, non andiamo su Eidos 9, quindi Lily non sarà in grado di uscire dal mech durante lo scontro finale e morirà al suo interno. Il resto è appunto uguale, magari Eve è un po' più incazzata con Mother Sphere per la morte di Lily.
Il Bad Ending è, a mio avviso, alquanto idiota: Eve rifiuta l'offerta di Adam poichè non vuole più obbedire a nessuno se non al suo libero arbitrio, quindi lo sconfigge condannando all'estinzione la razza umana e alla distruzione il nido dei Naytibas, viene accolta a braccia aperte da Mother Sphere e trotta felice sulla nave che la riporta alla Colonia nonostante sappia tutta la verità sulle bugie e mistificazioni perpetrate. Un'espressione di stupore ci accompagna nella vista della Colonia, un concept art senza senso che sarebbe senza dubbio visibile dalla superficie e che, anzi, creerebbe zone glaciali sulla Terra oscurando il Sole. Fesseria galattica sotto molteplici aspetti.
