In sintesi: che c'è molta più "microgestione" in unicorn, devi fare attenzione agli insediamenti, devi controllare/gestire più squadre, incluse le mosse automatiche da utilizzare (dopo si sbloccano le macro stile ff12 gambit), ci sono molte più classi e sinergie, è tutto in tempo reale (hai pausa tattica), devi studiare come utilizzare i punti valore (se per evocare truppe o utilizzare poteri speciali), ci sono strumenti di battaglia tipo catapulte etc utilizzabili. Insomma è molto più profondo come sistema.
Fire emblem (non ho giocato l'ultimo ma 3 houses) ti butta nella livello storia o schermaglia dove ti muovi "a turni" su una griglia, hai il controllo diretto delle azioni dei tuoi soldati - nessuna battaglia automatica come unicorn.
Ti consiglio di provare la demo.