è vero che a un certo punto del gioco c'è un backtracking imponente, tanto questo lo sai già, per rispondere ai punti di prima:
1) non puoi skippare nulla, o meglio quella parte puoi rusharla ovviamente (e te lo consiglio in un certo senso), ma non skipparla, a meno di non beccarti un finale negativo che però io non ho mai visto
2) durante questa fase (non ti dico chiaramente in cosa consiste e cosa devi fare) incontri di nuovo certi mid boss che sarebbero i tizi che una volta sconfitti ti consegnano le classi nuove, ogni volta c'è da scoprire qualcosa sul loro background ma se non li affronti (è opzionale, vedi i luoghi sulla mappa ma puoi andare avanti senza affrontarli di nuovo) non lo saprai mai a meno di informarti altrove, di certo non viene riportato nulla nel gioco che tu possa consultare
3) se skippi questi combattimenti ci sono dei punti di non ritorno per cui quelle storie secondarie (chiamiamole quest via, ma sono boss fights) sono perse per sempre, non ho idea se ci sia o meno un NG+ ma non ha a che vedere con questo, anzi direi che non c'è anche perchè per come è strutturato il gioco avrebbe poco senso. Sui reward boh, masterando le classi ottieni abilità nuove ma oltre a questo non mi pare che il gioco ti premi in qualche modo, ma io comunque non ho certo fatto tutto quindi non saprei.