Aeith è morta, su questo non ci sono dubbi, l'unico che dissocia credendola ancora viva è Cloud, per la questione delle diverse linee che si vengono a creare (ma che in nessun modo vanno a sostituire la linea principale, infatti si intuisce che sono tutte destinate a decadere, la timeline vera è una soltanto quella con Aeith morta) bisognerà aspettare la terza parte per capire dove andranno a parare, idem il ruolo di Zack li in mezzo. Per quanto riguarda il background di Zack lo si scopre nella parte 3 o se vuoi approfondirlo ancora di piu giocando Crisis Core Reunion.
Tifa cade nella mako ma finisce nel lifeatream, sono due cose un po' diverse. Il lifestream è l'energia vitale del pianeta che ne contiene l'essenza e i ricordi, il mako è una fonte di energia creata dall'estrazione del lifestream a opera della shinra per utilizzarla come fonte di energia, a questo servono i reattori, a estrarre mako e alimentare la città, ma questa parte è ben spiegata soprattutto in Remake, infatti mi viene il dubbio, ma hai giocato remake o sei partito con rebirth? Perché altrimenti hai prestato poca attenzione, quello viene spiegato esaustivamente.
Le balene sono le weapon, viene accennato che sono delle armi a disposizione del pianeta quando esso è in pericolo e anche qui ne saprai molto di piu nella parte 3.
Il tizio incappucciato se ti riferisici a quello che interagiace con Rufus era l'ennesima manifestazione di Sephiroth tramite gli incappucciati che ha usato l'aspetto di un ex soldier per burattinare Rufus, e si questa parte fa proprio schifo al cazzo.
Di base la maggior parte dei tuoi dubbi è perché semplicemente ti manca l'ultima parte di storia