Però qualsiasi sia il valore che si voglia assegnare al possesso della triforza del coraggio per mano di ganondorf, non cambia la sostanza per cui si è creato, come dici tu, un equilibrio della triade. Siamo lontani dalla contrapposizione netta bene e male di un costrutto cristiano, siamo nella dimensione dello Yin e dello Yang, ovvero una dimensione in cui bene e male sono indissolubilmente legati e se vogliamo c'è una parte di bene nel male (il Ganondorf di WW con le sue motivazioni) e una parte di male nel bene (lo shadow temple di OoT per dirne una). Poi sicuramente il fatto che in Zelda emergano elementi dell'immaginario tanto occidentale che orientale, non permette di assegnare una ricostruzione culturale netta ed emergono elementi che invece sono ascrivibili alla nostra tradizione come Demise che è a conti fatti il Lucifero che impone il peccato originale (pur avendo un aspetto da Oni giapponese, per restare in tema di contaminazioni

).
E in tutto questo non va dimenticato che continue interpolazioni, rettifiche, diverse direzioni artistiche e un sostanziale senso di secondarietà della lore, hanno portato anche confusione.
Quindi, tornando alla questione della pergamena, o quello che è, che l'eroe rappresentato possa essere Ganondorf, direi che non lo escluderei a priori. Poi che vogliano o meno sviluppare la questione è un altro conto perché concordo con te quando sostieni che Zelda non si è mai spinto a tanto nella lore.
Aggiungo però un elemento che forse non è stato ancora citato: in Hyrule Warriors AoC, nella schermata di caricamento, ogni personaggio del gioco è rappresentato stilisticamente come se fosse parte di quella pergamena raffigurante lo scontro di 10mila anni prima. Il Link di Botw è raffigurato in modo totalmente diverso dall'eroe della pergamena stessa, non vi è alcuna vicinanza di somiglianza e considerando che Tecmo ha dimostrato di garantire un'ottima fedeltà all'originale e che comunque c'è stata una supervisione artistica di Nintendo, la cosa non va sottovalutata. Ora, se Zelda ci ha insegnato qualcosa in 35 anni è che le fattezze dell'eroe sono pressappoco sempre le medesime. E' un elemento difficile da spiegare se non con il fatto che quel soggetto rappresentato non sia "un Link" oltre all'inevitabile somiglianza a Ganondorf per via dei capelli rossi e lunghi, in proporzione a quanto quella pergamena permette di dedurre poi.
Come dice Nintendo Master, magari è un elemento che inizialmente volevano approfondire e poi lo hanno scartato o forse ne sapremo davvero di più grazie a Botw 2.